El municipio se encuentra localizado en la parte sureste del estado, en la zona huasteca, la cabecera municipal tiene las siguientes coordenadas, 98º58" de longitud oeste y 21º33" de latitud norte, con una altura de 380 metros sobre el nivel del mar. Sus límites son: al norte, Tancanhuitz de Santos, al este Coxcatlán, al sur, Xilitla, al oeste Aquismón.
Extensión : De acuerdo con el Sistema Integral de Información Geográfica y Estadística del INEGI, al año 2015, la superficie total del municipio es de 71.5 km2 y representa el 0.11% del territorio estatal.
Orografía : En general, Huehuetlán se encuentra asentado en montañas, estribaciones de la sierra Madre Oriental y planicies.
Hidrografía : El río más importante es el Huichihuayán y cuenta con un manantial denominado el nacimiento.
Clima : El clima es cálido subhúmedo, con lluvias en verano y tropical lluvioso. Su temperatura media anual es de 23ºC, máxima de 38ºC y mínima de 5ºC. La precipitación pluvial es de 1,800 mm.
Principales Ecosistemas Flora
En el municipio predomina la vegetación tipo selva alta perennifolia, que se localiza en la porción occidental, central y oriental del territorio.
Al sureste se detecta una faja considerable de terreno dedicado a la actividad agrícola de temporal, así como en las zonas aledañas a la cabecera municipal; también se encuentra vegetación de tipo pastizal cultivado.
Uno de los árboles que más abundan es el jonote. Existen platanares de muy variadas clases, huertos de naranjas, parches de caña y algunos manchones de selva virgen.
Fauna
La fauna se caracteriza por las especies dominantes como: tigrillo, gato montés, coyote, lagarto; gran variedad de aves y algunas especies de reptiles.
Recursos naturales Son sus tierras de cultivo agrícola y pastos para la cría de ganado.
Características y Uso de Suelo Predominan formaciones geológicas de la era cenozoica y de la edad terciaria, pertenecientes al periodo eoceno constituidas por rocas sedimentarias del tipo de las lutitas, intercaladas con areniscas.
Al norte los suelos que predominan son: regozoles, calcárico y en menor escala vertisol pélico, los cuales presentan textura fina. Al este encontramos feosem lúrico y en menor grado feosem háplico, ambos con textura fina.
